באופן לא שגרתי בחרה הונדה להציג לפני כחודש בתערוכת הרכב בפריז את הקונספט נאו ספורט קפה, זאת כשבאותה העת התקיימה תערוכת האופנועים השנתית בקלן. הונדה נאו ספורט קפה הציג רעיון לאופנוע עירום שרירי בנפח בינוני עם עיצוב בעל נגיעות רטרו, מה שעורר את ההערכה כי בהונדה מתכננים דגם נוסף במשפחת דגמי העירום החדשה שלהם שיגשר על הפער בין CB1000R לבין אחיו הקטנים.
עם הצגת הקונספט הודיעה הונדה כי תחשוף את הגרסה הסדרתית של האופנוע בתערוכת מילאנו, מה שעורר תהיה למה להציג קונספט בסמיכות כה קצרה לדגם הסדרתי, אבל מי אנחנו שנתלונן. אז אכן, הונדה עמדה בהבטחתה והציגה במילאנו את CB650R המשלים את משפחת דגמי עירום-השרירי של החברה.
הונדה CB650R קרוב מאד בעיצובו לנאו ספורט קפה, עם הבדלים שניכרים בעיקר ביחידת התאורה הקדמית ובמערכת הפליטה הקונבנציונאלית יותר בדגם הסדרתי. משאר הבחינות, העיצוב הוא בעל קשר ישיר לשאר בני המשפחה מה שבולט בחתימת ה-LED בפנס הקדמי בפלסטיקה הצידית הכסופה ובמיכל הדלק המפוסל. למראה הכללי תורמים גם המזלג הקדמי המוזהב, חיפויי המנוע בוון מגנזיום ועוד נגיעות קלות המצליחות לטשטש את המקור עליו מתבסס הונדה CB650R.
מתחת העיצוב הרטרו-מודרני המדליק מדובר למעשה בהונדה CB650F משודרג. שלדת האופנוע כמעט זהה לזו של CB650F, אך עם מספר שינויים מהותיים כמו חיזוק ראש היגוי וזרוע אחורית שונה וקלה יותר בכמעט 2 ק"ג, כשבסך הכל השלדה של ה-R קלה ב-6 ק"ג משלדתו של ה-F.
המנוע גם הוא נלקח מ-CB650F, אך הוא עבר שדרוג הודות לניהול מנוע שונה, הגדלת יחס הדחיסה ושיפור מערכת התזמון מה שאפשר להעלות את ההספק המרבי מ-86 ל-94 כ"ס המתקבלים ב-12,000 אלף סל"ד, 1,000 סל"ד גבוה יותר מאשר ב-F. נתון המומנט עלה קלות ל-6.5 קג"מ ומתקבל ב-500 סל"ד גבוה יותר. כמו כן תוצע גם גרסה מוגבלת המותאמת לדרגת רישוי A1.
מעבר לכך הונדה CB650R מציע רשימת מכלולים נאה הכוללת מזלג קדמי SFF מוזהב מתוצרת שוואה, בולם אחורי מתכוונן בעל 7 מצבי עומס קפיץ, בלמים עם קאליפרים רדיאלים מלפנים, מצמד מחליק ומערכת בקרת אחיזה הפועלת באמצעות הגבלת הכוח המנוע בעת החלקה של הצמיג האחורי.
